根據集團管控要求和水投公司職能作用發揮需要，按照精干高效的原則，公司共設置14個部門，具體的部門設置及工作職責如下：
1.黨委工作部
主要職能：負責黨建、干部管理、宣傳、團建、扶貧、保密、企業文化建設等工作。
2.董事會辦公室
主要職能：負責董事會日常辦公事務、董事會會議籌備、公司章程管理、現代企業制度及治理體系研究等工作;戰略規劃、改革改制、整合重組等工作。
3.綜合辦公室
主要職能：負責公司行政日常辦公事務、收(發)文管理、證照印章管理、檔案管理、行政會議會務、監事會日常事務管理等工作;對外聯絡、公務接待、后勤管理、車輛管理等工作;信訪、維穩、治安、保衛及辦公區、生活區消防管理等工作。
4.計劃發展部
主要職責：服務對接水利廳、發改委、各州市政府等單位，積極爭取水利投資項目，負責投資計劃編制和落實、投資策劃、協調項目投資評審、項目投標管理、合同談判等工作。
5.財務部
主要職責：負責會計核算及財務管理、稅務管理、債權債務管理、全面預算管理、資產評估及產權登記管理等工作。負責水利資產確權、資產管理、項目運營管理、水價改革、水費收取、供排水業務管理、物資設備采購管理等工作。
6.建設管理部
主要職責：負責公司建設項目生產管理、進度管理、質量管理、技術管理、技術創新、項目設計管理等工作。負責公司內控體系建設、資產經營責任制考核管理、綜合計劃統計管理、招標管理、合同管理、成本及結算管理、資質管理、信息化建設和管理等工作。
7.紀檢監察部
主要職能：負責紀檢、行政監察、黨委巡察、效能監察和督導督察、監察黨風廉政建設責任制落實情況等工作。
8.人力資源部
主要職責：負責人力資源管理及其信息化工作，負責薪酬、績效考核、勞動關系、教育培訓、職稱評審、社會保險、招聘、調配、退休人員管理等工作。
9.金融及資本運營部
主要職責：負責融資及授信工作、資產證券化等有關資本運作工作。
10.風險控制部
主要職責：負責完善公司風險管控體系;負責投融資、財務、經營風險評估工作，對重大經濟事項或合同出具風控意見等工作。
11.安全環保部
主要職責：負責公司生產安全、防汛度汛、生產作業區消防、環境保護、職業健康監督等工作。
12.審計部
主要職責：負責公司內部審計、審計監督及評價、內控管理體系評價、項目審計、投資項目后評價;所屬單位內審業務監督、指導、審計整改落實等工作。
13.法律事務部
主要職責：負責公司法律糾紛管理和有關法律咨詢工作，指導和監督所屬公司重大法律糾紛辦理和備案管理;對公司重大經營決策、重要規章制度、各類合同、重大投融資、公司章程、股權轉讓、對外擔保、改制、重組、清算等重要事項進行法律審核;落實公司法律風險防控措施;負責公司法治宣傳教育工作。
14.工會辦公室
主要職責：負責工會組織建設、民主管理、維權幫扶、女工管理、文體活動等。
